Para pasar vídeos en formato 3gp, habitual en algunos teléfonos móviles, al más estándar avi podemos hacer:
$ ffmpeg -i videoIn.3gp -f avi -vcodec xvid -acodec mp3 -ar 22050 videoOut.avi

Y al contrario para pasar vídeos a formato 3gp, por ejemplo desde flv, típico de internet:
$ ffmpeg -i videoIn.flv -vcodec libx264 -acodec libfaac videoOut.3gp

También nos puede interesar pasar archivos flv a avi:
$ ffmpeg -i input.flv -vcodec libxvid -acodec copy output.avi

Para rotar vídeos que hemos grabado con cámaras de fotos en modo vertical, en vez de horizontal, podemos hacer:
$ mencoder -vf rotate=1 videoIn.avi -oac mp3lame -ovc lavc -o videoOut.avi
o bien:
$ mencoder -vf rotate=1,hqdn3d,eq=25:50 -oac pcm -ovc lavc videoIn.avi -o videoOut.avi
Si además queremos añadir bandas negras a los lados para que el vídeo resultante mantenga las proporciones de imagen de los vídeos horizontales podemos hacer:
$ mencoder -vf rotate=2,expand=-176:0:88:0 -oac pcm -ovc lavc videoIn.mov -o videoOut.avi