Para grabar el escritorio en GNU/Linux podemos utiliza ffmpeg. Vamos a ver un par de ejemplos.

Grabar el escritorio completo (1680×1050):
ffmpeg -f x11grab -s 1680×1050 -r 25 -i :0.0 -sameq output.mkv
Grabar una parte del escritorio (tamaño 1000×500, offset 100,100):
ffmpeg -f x11grab -s 1000×500 -r 25 -i :0.0+100,100 -sameq output.mkv

También se puede indicar a ffmpeg que grabe una zona que siga al ratón y varios parámetros más. Como siempre:
man ffmpeg

Otros programas que se pueden usar para capturar el escritorio son VLC, gtk-recordmydesktop, recordmydesktop.

Relacionado: Retocar videos
También recomiendo OpenShot para editar videos de forma gráfica.